Il Madagascar può essere suddiviso, in base all'altezza e alla latitudine, in tre zone climatiche, lungo le coste troviamo una fascia di clima tropicale caldo e umido, negli altopiani interni il clima è temperato, mentre la regione meridionale del paese presenta un clima semi-desertico, secco e arido.
Il clima del paese è dominato e regolato dagli alisei di sud-est e si divide in due stagioni una calda e piovosa da dicembre a marzo e una secca e fresca da maggio ad ottobre.
L'isola di Nosy Be che si trova lungo la costa nord occidentale ha un particolare microclima.

Il miglior periodo per visitarla sono i mesi tra aprile e novembre, essi presentano temperature miti e poca pioggia.